1、DNA回收率低
A、溶膠液用量過少
準確計算凝膠的重量，按比例加入溶膠液。
B、凝膠塊未*融化
加入溶膠液后，置于55℃~60℃進行水浴，如有必要加入更多量的溶膠液。
C、電泳緩沖液使用時間過長，不新鮮
換用新配制的電泳緩沖液。
D、片段過小，<200 bp
加入1倍體積的異丙醇。
E、片段>10kb
加入洗脫液后，將吸附柱置于60℃，溫育15分鐘后進行離心洗脫。
F、洗脫液使用不正確
 洗脫液pH在7.0~8.5之間時洗脫效果，pH過高或者過低，都將顯著影響洗脫效率，請使用試劑盒配送的洗脫液進行洗脫（10 mM Tris-HCL，pH8.5），使用ddH2O洗脫時請保證pH值在此范圍內。
G、洗脫液加入位置不正確
使用較小洗脫體積洗脫時，洗脫液應加在膜的中央。
H、起始產物量低
若初始回收產物的量很低，應先富集，增大起始產物量。
2、未回收到DNA
DNA Wash Buffer中未加入乙醇
  加入規定用量的無水乙醇，使用后旋緊瓶蓋，以防乙醇揮發
3、電泳時，樣品飄出點樣孔或后續酶反應實驗不理想
乙醇殘留：洗脫前，應確保乙醇已去除干凈，可再次離心，以*去除殘留的乙醇后在進行洗脫操作。
4、柱子堵塞
凝膠未*融化：加入溶膠液后，置于55℃~60℃進行水浴，待凝膠*融化，冷卻至室溫后再過柱。